孙毓汶（？—1899）清官员。字莱山，号迟庵。山东济宁人。清咸丰六年（1856）榜眼，授编修。十年，以在籍办理团练抗捐被劾，为恭亲王奕訢所恶，遭革职遣戍。同治元年（1862），以输饷复原官。十年，法越事起，策划醇亲王奕譞复出，促使慈禧尽撤全班军机大臣，孙毓汶以工部左侍郎在军机处行走，兼总理各国事务衙门大臣。光绪十四年（1888），任吏部右侍郎。十五年，升刑部尚书，加太子少保。十九年，转兵部尚书。二十年甲午中日战争，结纳李鸿章，力主战不可恃。后恭亲王奕訢复入军机处，孙以病请求退休。